Der Helbig-Keller verdankt seinen Namen der Unternehmerfamilie Helbig, die 1861 das Grundstück am Burgberg erwarb. Die Familie war auch Eigentümerin der Henninger-Brauerei in der Hauptstraße 55–57, einer der bedeutenden Erlanger Brauereien ihrer Zeit. Bereits seit 1850 befand sich der dazugehörige Felsenkeller im Familienbesitz. Ab 1887 wurde der Keller während der Bergkirchweih erstmals bewirtschaftet.
Nach dem Tod des Erben wurde der Besitz 1905 an eine Kapitalgesellschaft verkauft. Der Keller wurde fortan nicht mehr von der Familie selbst, sondern von verschiedenen Brauereien genutzt – unter anderem von Hofbräu im Jahr 1924 und von der Kitzmann-Brauerei ab 1932.
Im Jahr 1949 ließ der neue Eigentümer Siemens auf dem Grundstück ein repräsentatives Wohnhaus für einen Siemens-Direktor aus Berlin errichten. Dieses Gebäude blieb bis zur Jahrtausendwende bestehen.
Im Jahr 2000 erwarb die Familie Gewalt, Inhaber der Steinbach Bräu, das Anwesen. Seit 2001 bewirtschaftet sie den Keller wieder unter dem historischen Namen Helbig-Keller. Dabei setzen sie auf besondere Akzente: Der Keller ist einer der wenigen, die tatsächlich zugänglich sind und im Inneren Sitzplätze für Gäste bieten – eine echte Rarität auf dem Berg.