Der Birkner-Keller ist im ersten Katasterplan von 1822 noch nicht verzeichnet. Vermutlich wurde er für die Brauerei in der Engelstraße 13 angelegt, die das Ehepaar Wernlein dort nach 1813 errichtet hatte. Nach 1859 ging der Braubetrieb in den Besitz der Familie Hertlein über und bestand bis 1890.
Im Jahr 1895 kaufte der Gastwirt Emil Birkner den sogenannten Hertleinschen Kellerplatz, um dort eine Sommerwirtschaft zu eröffnen. Bereits 1900 ließ er ein neues Gebäude errichten und betrieb dort ein festes Restaurant mit Terrassenbetrieb. Dieses bestand bis kurz nach dem Ersten Weltkrieg. 1919 veräußerte Birkner das Grundstück an das Corps Guestphalia, das an seiner Stelle bis 1929 ein neues Corpshaus errichtete.
Während des Zweiten Weltkriegs wurde der Keller als Luftschutzraum genutzt. Das Corpshaus selbst wurde 1945 von amerikanischen Truppen beschlagnahmt und diente zeitweise als Offizierskasino.
Seit 1983 wird der Birkner-Keller zur Bergkirchweih wieder regelmäßig bewirtschaftet.